缺铁胁迫诱导的拟南芥新转录本分析和鉴定.doc

摘要:铁在地壳中的含量非常高，受pH和氧化态的影响，土壤中铁的有效性却很低，导致植物极易缺铁，最终影响其产量和品质。如何提高植物铁的利用及解决植物因缺铁而引起的叶片黄化等问题是目前亟待解决的问题。经过长期的实验研究，人们发现在缺铁的环境下，植物会产生铁吸收调控的机理，主要有机理Ⅰ和机理Ⅱ。近年来，由于生物测序技术和生物信息学的发展，人们不仅通过合理施肥、机理Ⅰ植物和机理Ⅱ植物的套种来提高植物对铁的吸收，还通过转录组测序技术，发现了植物基因新转录本的产生，胁迫处理会提高新转录本的产生几率，本实验通过对拟南芥叶片缺铁处理后进行高通量转录组测序，重点分析鉴定缺铁胁迫下的新转录本其及各对叶中的表达模式，结合生物信息学分析新转录本的编码序列和结构特征，采用RT-PCR验证新转录本。结果检验出基因编号AT2G42070和AT2G42080之间存在新转录本，与预测的结果相同，通过蛋白质比对分析出其基因表达产物可能与AT2G39380编码蛋白相似的功能，具有调节铁的体内转运的相关作用。

关键词: 

缺铁胁迫；机理Ⅰ ；机理Ⅱ ；转录组测序；新转录本

目录

摘要

Abstract

1.文献综述

1.1铁对生物的影响

1.2植物吸收利用铁的机理及相关的基因

1.2.1双子叶和非禾本科单子叶植物植物铁吸收机理-机理Ⅰ

1.2.1.1 根际酸化与Fe3+还原

1.2.2禾本科植物铁吸收机理-机理Ⅱ

1.2.3 铁在植物体内的转运

1.2.4铁调控因子

1.3.可变剪接和新转录本

1.3.1可变剪接

1.3.1.1可变剪接的类型及功能

1.3.2新转录本

1.3.2.1新转录本的研究进展及生物学意义

2.研究论文

引言

2.1实验方法和材料

2.1.1实验材料

2.1.2方法

2.1.2.1拟南芥种子的种植

2.1.2.2拟南芥缺铁处理

2.1.2.3缺铁和正常的ES培养基的制备

2.1.2.4预测新转录本

2.1.2.5DNA提取

2.1.2.6 RNA提取

2.1.2.7逆转录合成第一条cDNA链

2.1.2.8 RT-PCR扩增

2.1.2.9KOD扩增

2.1.2.10 PCR产物纯化

2.1.2.11PCR产物连接

2.1.2.12 连接产物转化

2.1.2.13 序列比对

2.2结果与分析

2.2.1拟南芥缺铁处理表型

2.2.2新转录本分析

2.2.3新转录本的验证

2.2.4 新转录本的序列分析

2.2.4.1新转录本全长序列扩增

2.2.4.2新转录本扩增序列分析

2.2.5新转录本功能预测

2.3讨论

参考文献

致  谢