DB小鼠口腔微生物基因组SOLiD高通量测序模版制备.rar

摘要：为了研究糖尿病人口腔的菌群结构，采集了20只DB小鼠口腔的微生物，提取基因组DNA.选择其中比较好的10个样本，制备SOLiD高通量测序模版，为高通量测序奠定前期基础。首先从DB小鼠口腔微生物数据库中挑选了大量的16S rRNA基因序列，采用MEGA 4.0.2软件和Primer 5.0软件，针对不同菌群所特有保守区和可变区设计引物，共设计26对引物，并在每组引物前增加了限制性内切酶Eco57I酶切识别位点。经PCR扩增后，仅有23对引物扩增成功。PCR产物经Eco57I酶切后，割胶，回收酶切产物。

关键词：口腔菌群结构；SOLiD高通量测序；模板

　　在本实验中，我们从人类口腔微生物数据库中（Human Oral Microbiome Database,http://www.homd.org/）挑选了421条序列，以此为基础进行了SOLiD高通量测序模板制备引物的设计，利用MEGA 4.0.2软件和Primer 5.0软件，最终共设计出了26组引物。并在每组引物前增加了限制性内切酶Eco57I酶切识别位点。PCR产物经Eco57I酶切后，余4个引物碱基作为引物识别标签。以Str组引物为代表对引物的偏性进行了检查之后，用上述26组引物对样本的舌苔细菌总DNA进行PCR扩增，其中共有20组引物成功扩增出了琼脂糖凝胶上条带可见的产物，且其在糖凝胶上的位置分别能与各自的预期长度相对应。对于每一个样本，将得到的扩增产物利用限制性内切酶Eco57I酶切，切胶回收酶切产物并将其混合在一起，从而生成该样本的SOLiD高通量测序模板，经Nanophotometer仪检验，每个样本的测序模板质量均符合SOLiD测序仪的要求。

　　进入后基因组时代，人类对测序技术的需求有增无减，其目标是最终实现快速、有效、低成本地测定个体全基因组，在这一背景下，包括杂交测序、合成测序和DNA 单分子测序技术在内的新一代测序技术应运而生，并不断向前发展[4]。目前已有基于新一代测序技术的测序仪投放市场。这类测序仪运行一次可以平行地得到数百万个阅读片段，具有很高的通量，文库的制备不需要进行传统的载体克隆[5]。这些优点是以往的基因克隆加测序技术分析菌群结构时是所不具备的，而这对于分析复杂菌群结构实际上又是非常重要的，因此其在该领域的研究中拥有巨大的潜力。目前，已有应用新一代高通量测序仪（以下简称高通量测序仪）研究菌群结构的报道。下面将对目前几种主要的高通量测序仪分别进行介绍。