属特异性16s rRNA 序列V1区特征分析.doc

摘要：目的 针对属特异性16s rRNA序列V1区设计的引物位点，与已有的针对V1区设计的通用引物进行覆盖率的比较从而确定针对于属设计引物的优越性。方法 基于人类口腔微生物菌群16s rRNA 的基因库，分属对其16s rRNA 序列进行特征分析，做出各分属的16s rRNA 序列突变图谱，找出V1区引物设计位点，计算出该引物位点在其分属中的覆盖率并与V1区通用引物在各分属中的覆盖率进行比较。结果 针对属设计的引物位点相对于通用引物在本分属中有着较好的覆盖率。17个菌属中有13个菌属的V1区引物位点在菌属中的覆盖率接近或超过90%，理论上可以扩增出的菌种丰度较高。

关键词：16s rRNA； 属特异性； V1 ； 引物

Abstract：Objective primers design for V1 area of genus-specific 16s rRNA ,and compared to the existing universal primers for V1 area with the coverage rate to determine the superiority of the primers design for each genus. Methods analysis the 16s rRNA sequence and make mutations map for each genus based on Human oral microbial 16s rRNA gene library. Find the primer sites for V1 area, Calculate the coverage rate of the primer site in its genus and compared to the rate of the universal primers for each V1 area. Results the primer site designed for genus have better coverage rate than the rate of universal primers in each genus. In total 17 genus, there are 13 genus’ primer sites for V1 area near or more than 90% coverage, the strain could be amplified from a higher abundance.

Keywords: 16s rRNA; Genus-specific;V1;primer

　　微生物群落的种群多样性一直是微生物生态学和环境学科研究的重点。首先，群落结构决定了生态功能的特性和强弱。其次，群落结构的高稳定性是实现生态功能的重要因素。再次，群落结构变化是标记环境变化的重要方面。因此，通过对目标环境微生物群落的种群结构和多样性进行解析并研究其动态变化，可以为优化群落结构、调节群落功能和发现新的重要微生物功能类群提供可靠的依据。近年来基于微生物群落种群多样性的菌群结构分析有了很大的发展，从早期的依赖传统的培养分离方法，到后来的生物标记物方法，再到现在的分子生物学方法，分析的精度和的广度不断提高，这对于微生物资源的开发和应用，阐明微生物群落与其生境的关系，揭示群落结构与功能的联系有着重要的意义。