人Siglec-9的生物信息学分析.doc

摘要：目的 用生物信息学软件分析人唾液酸结合免疫球蛋白样凝集素-9（Siglec-9）基因编码蛋白的理化性质，获取该基因的相关因素。方法 利用GOR、Protparam、ProtScaler软件预测和分析Siglec-9基因编码蛋白的理化性质和其他特殊局部结构分析。结果 推测Siglec-9基因编码蛋白分子式为：C2204H3450N626O673S18，理论等电点6.67，并含有α螺旋85个，延伸链109处，无规则卷曲269 处。总的亲水性平均系数 (Grand average of hydropathicity, GRAVY) 为-0.244。Siglec-9蛋白的亲水区域大于疏水区域并且是不稳定蛋白

关键词：生物信息学；人唾液酸结合免疫球蛋白样凝结素-9

Abstract：Objective To obtain information of the human Siglec-9 protein in the physical and chemical properties, the character of this gene and its product protein were analyzed by a series of bioinformatics software. Methods The physical and chemical properties and the other special structural analysis of the human Siglec-9 were analyzed by the GOR、Protparam、ProtScale software. Results Theoretical pI of this protein was 6.67, and the formula was C2204H3450N626O673S18. The results also showed that the protein had 85 α - helix, 106 Extended strand, 269 Random coil. The Grand average of hydropathicity (GRAVY) was -0.244. It was a hydrophilic and unstable protein.

Keywords:  Bioinformatic； Siglec-9

　　用ProtParam对Siglec-9基因编码蛋白的理化性质预测，推测该蛋白的分子式为C2204H3450N626O673S18，分子质量是50062.5u，等电点6.67；总的亲水性平均系数为-0.244，预测该蛋白为亲水性蛋白。 不稳定参数为42.08，属于不稳定蛋白。利用ProtScale软件的Kyte and Doolittle算法对Siglec-9进行亲水/疏水性分析应用GOR法分析Siglec-9基因编码蛋白的二级结构，结果在该氨基酸序列中，共有α-螺旋 (Alpha helix) 85 处，占总二级结构的18.36%；延伸链( Extended strand) 109 处，占总二级结构的27. 40%；无规则卷曲( Random coil) 269 处，占总二级结构的58.10%。推测该蛋白属于受体。

　　本研究中应用了生物信息学技术。生物信息学是近年来随着分子生物学、数据库技术和国际互联网的发展而应运而生的，建立在数学、生命科学和计算机科学基础上的一门交叉学科。利用生物信息分析软件和世界共享的数据库，可以进行同源基因搜索、序列结构分析、蛋白质分子结构预测等研究工作。本文应用生物信息学方法对Siglec-9基因编码蛋白进行比对、分析，从而对其结构和功能进行了推断和预测，为以后在开展实验研究前提供了尽可能多的信息，将为选择合适的试验方法提供理论参考，为进一步对该基因的功能研究提供了线索。