牛蒡根际可培养细菌菌株筛选鉴定.doc

摘要:本论文通过梯度稀释法分离培养牛蒡根际土壤中的细菌，筛选到的菌株主要有三种： NP20分类属于肠杆菌属Enterobacter；NP25分类属于Pectobacterium；NP47分类属于Acinetobacter。鉴定菌株的方法是：提取出基因组DNA，通过PCR反应克隆出16S rDNA片段，通过测序获得其序列，在NCBI网站上使用BLAST程序获得与其序列相似性最高的几个序列，使用DNAMAN等软件分析比对这些序列，获得同源树，确定相似性最高物种的分类地位，最后可以初步确定所分析菌株的种类。

关键词 牛蒡；根际；菌株鉴定；16S rDNA

目录

摘要

Abstract

1 绪论-1

1.1 牛蒡的研究概况-1

1.2 植物根际微生物-1

1.2.1 植物根际微生物概况-1

1.2.2 植物根际菌群的形成-2

1.2.3 植物根际微生物的特性和功能-2

1.3 菌种鉴定-3

1.3.1 菌种鉴定概况-3

1.3.2 传统的菌种鉴定-4

1.3.3 现代菌种鉴定方法-4

1.4 根际微生物的研究背景-5

1.5 本研究的目的和意义-6

2.1 实验材料与设备-7

2.1.1 样品-7

2.1.2 培养基-7

2.1.3 试剂-7

2.1.4 主要仪器设备-7

2.2 实验基本操作方法-7

2.2.1 培养基与常用试剂的配制-7

2.2.2 高压灭菌-8

2.2.3 菌株的筛选纯化-8

2.2.4 菌株保藏-9

2.2.5化学转化-9

2.3 根际菌株分离和计数-10

2.4 基因组DNA提取-10

2.5 电泳实验-10

2.5.1电泳的原理-11

2.5.2 电泳的具体操作步骤-12

2.5.3 电泳实验注意要点-13

2.6 菌株16S rDNA序列分析-13

2.6.1 引物设计与合成-13

2.6.2 PCR扩增16S rDNA序列-13

2.6.3 16S rDNA 序列的测序分析-13

3 结果与讨论-14

3.1 牛蒡根际菌群数量的分析-14

3.2 16S rDNA序列分析-14

3.3-分离到的菌株及16S rDNA相关序列-15

3.3.1 NP20-15

3.3.2 NP25-16

3.3.3 NP47-16

3.4讨论-17

3.4.1 16s rDNA结果分析-17

3.4.2 根际可培养微生物研究展望-18

致谢-19

参考文献-20