环境样本中总DNA的提取及PCR条件的优化_环境工程.rar

摘要：利用分子生物学技术对环境样本中的微生物进行研究，成为目前研究的趋势和潮流。而这一切研究的基础都依赖于其DNA的提取质量和对其特异性片段的PCR扩增效果。所以对某一环境样本中的总DNA的提取方法的选择和PCR条件的选择的研究就显的很有意义。本研究用两种方法提取被污染河流底泥中的总DNA，比较两种方法的提取效果；研究环境样本DNA的PCR扩增的引物选择、反应体系优化和反应程序优化，找出PCR的最适条件。研究表明氯仿-异丙醇提取法可以提取出含污染物质较少的总DNA；筛选出可以扩增DNA模板的特异性引物；PCR扩增程序和PCR扩增体系都得到了一定的优化。

关键词：DNA提取；微量分光光度计；PCR；优化

Abstract：Using molecular biology techniques to study microorganisms in environmental samples，became a research trend and fashion．The basis of all this research is dependent on its DNA extraction quality and its specific fragment was amplified by PCR effect．On the choice of in an environmental sample DNA extraction methods and PCR conditions selected explicit and meaningful．Used in this study are two ways to extract the total DNA in the polluted river sediment，compare two methods of extraction efficiency，the study of environmental samples of PCR amplification DNA primers selection，reaction system optimization and response program optimization，and find out the optimal conditions of PCR．Studies have show that chloroform-isopropanol extraction method to extract total DNA containing less polluting substances，Filter out the specific primers to amplify the DNA template，PCR amplification procedures and PCR amplification system have been optimized．

Key words：DNA extraction；Spectrophotometer；PCR；Optimization

　　　如今，现代生物技术PCR在很大程度上代替了传统的DNA克隆方法[26]，利用该技术能够从复杂的DNA分子群体中选择性地复制一段特异的序列，使某一DNA片段得到特异性的扩增。基于DNA方法的群落分析方法也得到了迅速的发展，如16SrDNA技术、变性梯度凝胶电泳技术（DGGE）、限制性酶切片段长度多态性技术（RFLP）和宏基因组文库技术等多种分子生物学技术的发展，这些都克服了经典培养方法的不足以及容易引起种群丢失等缺陷，可以使人们更更快速地了解环境中微生物多样性，为微生物生态的研究开辟了一条新途径。

　　　虽然本次实验的方法和内容还不够全面，还有很多不足之处，但还是希望能够为今后用分子生物学方法分析常州北市河微生物的多样性的研究提供一些参考。例如，在提取DNA时可以选用氯仿—异丙醇法，用该方法提取的总DNA不仅提取的总DNA含量高，而且含有较少的腐植酸，对后续实验的影响较小。因为用DGGE法研究微生物群落也会有局限[32]，通用引物2和通用引物3对底泥总DNA扩增特异性并不明显，所以后续实验可以不选择这两种引物。除此之外，考虑到经济成本和，实际操作，DNA模板的浓度可以选择只稀释到10倍即可。但是对于最适退火温度，还需实验者在本实验中55℃的基础上继续探究。