不同信息提取方法在冠状病毒进化分析中的应用.docx

摘要: 生物信息学是通过统计学、信息学、应用数学和计算机科学的方法来进行生物学的问题的研究。生物信息学的研究对象就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索、处理及利用。

本文提出了基于蛋白质序列的k-字间隔序列，并提出了间隔序列的伪丰度的概念。k取值为2时，我们通过一个400维的向量表示蛋白质序列，最后通过欧式距离构建了距离矩阵，通过邻接法重构了26种冠状病毒的进化树。我们所构建的进化树的各分支与序列的来源是高度一致的，说明我们的方法对冠状病毒的进化分析是有效的。

关键词：间隔序列；伪丰度；k字

目录

摘要

Abstract

1、生物信息学-1

1.1 生物信息学概念-1

1.2 生物信息学的研究对象-1

1.2.1 核酸-1

1.2.2 DNA-1

1.2.3 RNA-2

1.2.4 蛋白质-2

1.3 生物信息学的发展前景-3

2、 进化分析的特征提取方法和进化树构建方法-5

2.1已有的特征统计方法-5

2.1.1基于统计特征法-5

2.1.2基于图形表示法-5

2.2进化树的构建方法-7

2.2.1 基于距离构建法-8

2.2.2 邻接法-8

2.2.3 用PHYLIP进行进化树构建-9

3 冠状病毒进化树构建-10

3.1冠状病毒介绍-10

3.1.1冠状病毒分类-10

3.1.2冠状病毒的传播方式-10

3.2  数据集-11

3.3 我们方法构建的进化树-12

结论-14

参考文献-15